Лечим грипп при помощи видеокарт NVIDIA

Пока геймеры и компьютерные энтузиасты ждут, когда в продаже появятся видеокарты на базе графического чипа NVIDIA Fermi, учёные заинтересовались технологией распределённых вычислений CUDA. Не секрет, что в ряде задач производительность видеокарт при обработке данных существенно обгоняет быстродействие центральных процессоров, что всё чаще в последнее время используется при построении суперкомпьютеров.

Видеокартами NVIDIA всерьёз заинтересовались учёные из университета Иллинойса во главе с Клаусом Шультеном (Klaus Schulten), которые используют ускорители данной компании и технологию CUDA для моделирования поведения вируса гриппа A/H1N1 при воздействии на него лекарственными препаратами.

По словам Клауса Шультена использование технологии CUDA для сложных расчётов привело к увеличению производительности труда в 200-400 раз по сравнению с этими же вычислениями с помощью современных многоядерных CPU. Насколько сложны расчёты вам могут сказать цифры. Судите сами, для того, чтобы спрогнозировать, как будет сворачиваться клетка белка в течение 1,4 миллисекунды топовой видеокарте GeForce GTX 295 компании NVIDIA необходимо работать 24 часа непрерывно. Для анализа в реальном времени сворачивания белковой клетки на протяжении одной секунды необходимо объединить мощь714 видеокарт GTX 295.

Тем не менее, применение мощных графических акселераторов NVIDIA и технологии CUDA позволяет учёным сэкономить массу времени и сделать за сутки объём рутинной работы, на которую раньше уходило 2-3 недели.